被災者の在留手数料｜9月30日が分かれ目

出入国在留管理庁は、2026年9月7日付けで「在留許可手数料に関するお知らせ」を公表しました。令和8年熊本地震で被災された方に向けた1ページの案内です。

内容は2点に絞られています。2026年9月30日までに在留諸申請が受け付けられれば、許可が10月1日以降になっても改定前の手数料額が適用されること。そして10月1日以降の申請でも、一定の要件に該当すれば手数料が減額される場合があること。被災された外国人ご本人と、その方を雇用している企業の人事ご担当者に向けて整理します。

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1. 結論：分かれ目は「9月30日までに申請が受け付けられたかどうか」

先に要点をまとめます。

• 出入国在留管理庁は2026年9月7日、「令和８年熊本地震について」のページに「在留許可手数料に関するお知らせ」を掲載しました。
• 在留許可手数料は2026年10月1日から改定されました。
• 2026年9月30日までに受け付けられた申請については、許可が10月1日以降になっても改定前の額を納付することになります。
• 10月1日以降の申請でも、「生活保護法に規定する要保護者に準ずる程度に生活に困窮していると認められる者で、人道上の配慮をする必要があるもの」に該当することとなれば、手数料が減額される場合があります。
• ただしこの減額は、2つの要件の両方に該当することが必要です。被災したことのみで減額の対象になるわけではありません。
• 手数料額の基準になるのは申請の受付日です。許可が下りた日ではありません。

2. 2026年9月7日に公表されたのは「新しい制度」ではありません

最初にはっきりさせておきたい点があります。

この9月7日のお知らせは、被災された方のために新しい手数料の制度が作られたものではありません。すでに公表されている2つの取扱いを、被災された方に向けて改めて案内したものです。

案内されている2つは次のとおりです。

案内された内容	内容の位置づけ	掲載元
9月30日までの申請には改定前の額が適用される	被災者に限らない、改定全体の経過的な取扱い	「令和８年１０月１日付け在留許可手数料の額の改定等について」
一定の要件に該当すれば減額される場合がある	被災者に限らない、減額措置の一般的な枠組み	「令和８年１０月１日以降における在留許可手数料の減額措置又は免除措置について」

つまり、どちらも被災された方だけに用意された特別枠ではありません。それでもこのお知らせに意味があるのは、被災された方は在留手続そのものが通常と異なる状況に置かれており、手数料の期日まで意識が向きにくいからです。

「被災者向けの新しい減額制度ができた」という理解は正確ではありません。既にある枠組みを、期限とあわせて知らせたというのが実際のところです。

3. 分かれ目その1：手数料の額は「申請の受付日」で決まります

出入国在留管理庁は、改定後の手数料は2026年10月1日以降に受付をした申請に適用されるとしています。そして2026年9月30日までに受付をした申請については、当該申請に係る許可または交付が10月1日以降になっても、改定前の手数料による納付となるとしています。

ここで大切なのは、基準になるのが受付日であって、許可日ではないという点です。審査に数か月かかっても、9月30日までに受け付けられていれば、納付するのは改定前の額です。

3-1. 改定前と改定後で、額はどう変わるか

出入国在留管理庁が配布しているリーフレット（2026年9月発行）に基づく額は次のとおりです。

改定前（2026年9月30日までに受付した申請）

許可	申請方法	改定前の手数料
在留資格変更許可・在留期間更新許可	窓口	6,000円
在留資格変更許可・在留期間更新許可	オンライン	5,500円
永住許可	窓口	10,000円

改定後（2026年10月1日以降に受付した申請）

許可期間	窓口	オンライン
3月以下	10,000円	10,000円
3月超6月以下	18,000円	15,000円
6月超1年未満	25,000円	21,000円
1年	33,000円	27,000円
1年超3年未満	48,000円	42,000円
3年以上5年未満	64,000円	56,000円
5年以上	75,000円	65,000円
永住許可	200,000円	取扱いなし

改定後は、許可を受ける在留期間の区分に応じて額が変わる仕組みになります。なお、オンライン申請の場合は上記の手数料のほかに別途決済手数料が必要です（許可期間に応じて330円または550円）。

3-2. 自分の申請がいつ受け付けられたかを確認する方法

オンライン申請の場合、出入国在留管理庁は「申請受付仮番号」または「申請受付番号」のお知らせメールで受付日を確認するよう案内しています。窓口申請の場合は、申請時に交付される書類の日付が手がかりになります。

なお、9月30日以前に受け付けられた申請については、オンライン申請であっても収入印紙による納付となります。10月1日以降にオンラインで申請したものは収入印紙では納付できず、コンビニ決済または銀行決済になります。

4. 満了日は延長されても、手数料の分かれ目は動きません

ここが、被災された方にとって最も見落としやすい点です。

令和8年熊本地震については、特定非常災害の被害者の権利利益の保全等を図るための特別措置に関する法律（以下、特措法）に基づく告示により、在留期間や在留カードの有効期間などの満了日が2027年1月27日まで延長されています。対象は、地震の発生の時点（2026年7月28日）において災害救助法が適用された市町村の区域にあった方、または当該区域に住居地があった方などです。

延長されるのは、在留期間・経過滞在期間・登録支援機関の登録の有効期間・監理団体の許可の有効期間・在留カードの有効期間・特別永住者証明書の有効期間という、告示で定められた6つの期間です。

一方、手数料がいくらになるかは、申請が受け付けられた日で決まります。満了日が延びたことによって、手数料の適用日が動くわけではありません。

つまり、こういう状況が起こり得ます。

• 在留期間の満了日は2027年1月27日まで延びているので、手続そのものは急がなくてよいように見える。
• しかし10月1日以降に申請が受け付けられれば、納付する額は改定後になる。

この非対称に気づかないまま10月を迎えると、「延長されていたはずなのに、金額が上がった」という受け止め方になりかねません。満了日の期限と、手数料の分かれ目は、別々の線だと整理しておくのが正確です。

なお、被災に伴う在留手続の特例そのもの（満了日の延長、入管法上の義務の履行、資格外活動許可の取扱いなど）は、熊本地震の在留手続特例｜3つの期限と延長されない許可で詳しく扱っています。あわせてご確認ください。

5. 分かれ目その2：10月1日以降でも減額される場合があります

9月30日を過ぎたら一律に改定後の額になるかというと、そうとは限りません。減額の枠組みがあります。

改正後の出入国管理及び難民認定法（以下、入管法）第67条第3項は、在留資格の変更の許可、在留期間の更新の許可または永住許可を受ける者が、経済的困難その他特別の理由により手数料を減額し、または免除することが相当である者として政令で定める者であるときは、手数料を減額し、または免除することができると定めています。

5-1. 要件は2つ。「両方」に該当する必要があります

減額の対象になり得るのは、次の2つの両方に該当する場合です。

1. 生活保護法に規定する要保護者に準ずる程度に生活に困窮していると認められる者であること
2. 人道上の配慮をする必要があるものであること

出入国在留管理庁はQ&Aで、この両方に該当する必要があるため、いずれかに該当するだけでは減額の対象者になり得るものではないと明記しています。同庁のガイドラインでは、1について4類型、2について12類型が示されているとされています。

5-2. 「被災した」ことだけでは要件を満たしません

ここは誤解が生じやすいところです。

被災されたこと自体は、上記2つの要件のどちらとも直接には結び付いていません。9月7日のお知らせも「該当することとなれば、当該申請に対する手数料が減額される場合があります」という書き方をしており、被災者であれば減額されるとは述べていません。

6. 減額後の額と、永住許可についての限定

減額が認められた場合の額は、次のとおりとされています。

許可	減額後の手数料
在留資格の変更の許可	10,000円
在留期間の更新の許可	10,000円
永住許可	20,000円

在留資格の変更・在留期間の更新については、3月を超える在留期間が決定される方が減額の対象者である場合に1万円まで減額することができるとされています。

永住許可には限定があります。 出入国在留管理庁は、永住許可を受ける者で減額の対象となるのは、日本人、永住者または特別永住者の配偶者または子等に限るとしています。永住許可の手数料は改定後に200,000円となるため、この限定は実務上の影響が大きい部分です。

なお、特定在留カードの交付を受ける場合は、上記の額に特定在留カードの交付に係る手数料を加えた額が必要となる場合があるとされています。

7. 手続き上、先に知っておきたい3点

減額を検討される場合、次の3点は申請の方法そのものに関わります。

7-1. オンライン申請は減額措置に対応していません

出入国在留管理庁は、在留申請オンラインシステムでの申請は減額措置に対応していないと明記しています。減額措置対象である疎明資料を提出される場合は、窓口で在留諸申請を行う必要があります。

オンライン申請の手数料は窓口より低く設定されていますが、減額を求める場合はオンラインを使えません。どちらを選ぶかは、減額の対象になり得るかどうかを先に検討してから決めることになります。

7-2. 減額の疎明資料は、その後公表されました

減額の対象者に係る疎明資料について、本記事の執筆時点（2026年9月上旬）では、出入国在留管理庁は「追ってお知らせいたします」としていました。その後、同庁の専用ページで該当する類型ごとの疎明資料が公表されています（2026年9月確認）。疎明資料は「なし」とされている類型もあります。一覧は在留手数料の減額｜疎明資料が公表・申請は窓口でで整理しています。

つまり、何を用意すれば減額の判断を受けられるのかは、現時点では確定していません。この点は今後の公表を待つ必要があります。減額を前提に手続の予定を組むのではなく、公表状況を確認しながら進めるのが安全です。

7-3. 窓口申請は引き続き収入印紙です

窓口で受け付けた申請に対する許可を受ける場合、手数料は従来どおり収入印紙で納めます。改定により必要な額面の種類が変わるため、出入国在留管理庁は、審査結果を受け取りに行く際は送付されるハガキに記載された金額分の収入印紙を、規模の大きな郵便局等で事前に購入してから来庁するよう案内しています。収入印紙の購入方法は現金のみです。

被災された地域では、庁舎までの移動そのものに時間がかかる場合もあります。当日その場で印紙を買えるとは限らないという前提で準備しておくと安心です。

8. 立場別の整理

8-1. 被災された外国人ご本人へ

• 在留期間の満了日が2027年1月27日まで延長されていても、手数料の分かれ目は9月30日です。線が2本あることを確認してください。
• すでに申請が受け付けられている方は、受付日をご確認ください。オンライン申請なら「申請受付仮番号」「申請受付番号」のお知らせメールが手がかりです。
• 減額を検討される場合は、オンライン申請ではなく窓口申請になります。疎明資料は該当する類型ごとに公表されています。どの類型に当たるか迷う場合は、まず最寄りの地方出入国在留管理官署にご相談ください。

8-2. 企業の人事ご担当者へ

• 被災地域に住居地がある従業員の方について、在留期間の満了日と、申請の受付予定日を分けて把握してください。延長されているのは前者だけです。
• 更新の手数料は、許可される在留期間の区分によって額が変わります。1年の更新と3年の更新では、改定後の額が33,000円と48,000円（窓口）で異なります。費用負担の取扱いを社内で決めている場合は、区分ごとの額を前提に見直す必要があります。
• 会社としてオンライン申請を標準にしている場合でも、減額を検討する従業員がいる場合は窓口申請になります。運用の例外として想定しておくと、直前で慌てずに済みます。
• 登録支援機関の登録や監理団体の許可の有効期間も、被災の対象であれば2027年1月27日まで延長されています。こちらは手数料の話とは別の期限です。

改定そのものの全体像（在留期間の区分ごとの額、決済手数料、詐欺メールへの注意など）は、在留手数料10月1日改定｜9月30日までは旧料金で解説しています。

9. よくあるご質問

Q1. 9月30日までに申請すれば、許可が来年になっても改定前の額ですか。

出入国在留管理庁は、2026年9月30日までに受け付けをした申請については、当該申請に係る許可または交付が10月1日以降となっても、改定前の手数料による納付となるとしています。基準は受付日です。

Q2. 被災したので、手数料は減額されますか。

被災したことのみで減額されるわけではありません。減額の対象になり得るのは、「要保護者に準ずる程度に生活に困窮していると認められる者」であり、かつ「人道上の配慮をする必要があるもの」の両方に該当する場合です。該当し得るかどうかは、最寄りの地方出入国在留管理官署にご相談ください。

Q3. 満了日が2027年1月27日まで延長されました。手数料の期限も延びますか。

延長されるのは、在留期間・在留カードの有効期間など、告示で定められた6つの期間の満了日です。手数料の額は申請が受け付けられた日で決まるため、満了日の延長によって手数料の分かれ目が動くわけではありません。

Q4. 減額を受けたいのですが、オンラインで申請できますか。

在留申請オンラインシステムでの申請は減額措置に対応していないとされています。減額措置対象である疎明資料を提出される場合は、窓口で在留諸申請を行う必要があります。

Q5. 減額のためにどんな資料を出せばよいですか。

減額対象者に係る疎明資料は、当初「追ってお知らせいたします」とされていましたが、その後、出入国在留管理庁の専用ページで該当する類型ごとに公表されました（2026年9月確認）。

Q6. 永住許可の手数料も減額されますか。

減額の対象となる場合の額は20,000円とされていますが、永住許可について減額の対象となるのは、日本人、永住者または特別永住者の配偶者または子等に限るとされています。すべての永住許可申請が対象になるわけではありません。

Q7. 再入国許可や就労資格証明書の手数料も上がりますか。

出入国在留管理庁の案内によれば、再入国許可（1回限り3,500円・数次6,500円）および就労資格証明書の交付（1,600円）は手数料額そのものは変わりません。ただしオンライン申請の場合は、別途決済手数料（220円）がかかるとされています。

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まとめ

• 2026年9月7日のお知らせは、被災された方向けの新制度ではなく、既にある2つの取扱いの案内です。
• 2026年9月30日までに受け付けられた申請は、許可が10月1日以降でも改定前の額です。基準は受付日です。
• 在留期間等の満了日は2027年1月27日まで延長されていますが、手数料の分かれ目は動きません。
• 10月1日以降でも減額の枠はありますが、2つの要件の両方に該当する必要があり、被災したことだけでは要件を満たしません。
• 減額を求める場合は窓口申請が必要で、疎明資料は類型ごとに公表済みです。

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本記事は2026年9月時点の公開情報に基づいて執筆しています。制度の詳細や施行時期は今後変更される可能性があります。実際の申請にあたっては、出入国在留管理庁の公式情報または当事務所までご確認ください。

本記事の執筆者：申請取次行政書士 中山 諭
行政書士法人みやざき国際法務事務所 代表
所在地：宮崎県宮崎市

出典（一次情報）

• 出入国在留管理庁「在留許可手数料に関するお知らせ」（令和8年9月7日） https://www.moj.go.jp/isa/content/001469957.pdf
• 出入国在留管理庁「令和８年熊本地震について」 https://www.moj.go.jp/isa/30_00158.html
• 出入国在留管理庁「令和８年熊本地震の影響による有効期間の延長について」 https://www.moj.go.jp/isa/30_00159.html
• 出入国在留管理庁「令和８年１０月１日付け在留許可手数料の額の改定等について」 https://www.moj.go.jp/isa/01_00644.html
• 出入国在留管理庁「令和８年１０月１日以降における在留許可手数料の減額措置又は免除措置について」 https://www.moj.go.jp/isa/10_00273.html
• 出入国在留管理庁「令和８年１０月１日付け在留許可手数料の額の改定等に関するQ&A」 https://www.moj.go.jp/isa/applications/faq/01_00650.html
• 出入国在留管理庁「オンライン申請における手数料額及び手数料納付方法について」 https://www.moj.go.jp/isa/11_00107.html